Rescale freut sich, die Verfügbarkeit und die neueste Version der Amber (2014) Molekulardynamik- und Modellierungssuite für CPUs und GPUs bekannt zu geben. Ich erläutere den Prozess zur Anforderung und Erlangung des Zugriffs für die Ausführung Ihrer Amber-Simulationen. Anschließend zeige ich die Ergebnisse eines typischen Jobs mit Zeitangaben für verschiedene Prozessorzahlen und auf der GPU.
Um Amber auf Rescale ausführen zu können, ist zunächst der Erwerb einer Amber-Lizenz erforderlich. Die Schritte zum Erwerb einer Lizenz finden Sie auf www.ambermd.orgSobald Sie eine Lizenz erworben haben, können Sie mit den folgenden Schritten Zugriff auf das Amber-Softwarepaket auf Rescale anfordern:

1. Anmelden bei www.rescale.com/login in Ihrem Browser Ihrer Wahl
2. Auswählen +Neuer Job in der oberen linken Ecke der Seite
   
   
3. Klicken Sie auf Software im Workflow-Diagramm oder Softwareeinstellungen in der Workflow-Checkliste auf der rechten Seite des Bildschirms
   
   
4. Suchen Sie in der Liste der verfügbaren Software nach Amber. Die Software ist alphabetisch sortiert. Es gibt jedoch zwei weitere Möglichkeiten, Software zu finden:
   1. Geben Sie den Namen direkt in das Suchfeld ein
   2. Klicken Sie auf die Biowissenschaften Symbol zum Filtern von Codes nach Branche
      
5. Beachten Sie, dass Amber ausgegraut ist. Wenn Sie Amber auswählen, wird ein Dialogfeld zum Senden einer Zugriffsanfrage angezeigt. Klicken Sie auf Senden
   
   
6. Ein Rescale-Vertreter wird sich dann mit Ihnen in Verbindung setzen, um den Lizenzbesitz zu bestätigen
7. Rescale ermöglicht Ihnen dann den Zugriff, um Ihre Amber-Simulationen auf Rescale auszuführen.
8. Bei Ihrer nächsten Anmeldung sollten Sie sehen, dass Amber nicht mehr ausgegraut ist.
9. Wählen Sie Amber, um mit der Einrichtung Ihres ersten Amber-Jobs fortzufahren. Beachten Sie, dass für die Ausführung von Amber auf Rescale zusätzliche Hardwarekosten anfallen.

Nachdem Sie nun Zugriff auf Amber haben, können Sie Ihre erste Amber-Simulation einrichten und ausführen. Hier ist eine Hilfeseite das erklärt, wie das geht. Sie können auch auf eine der Ergebnisse Links in der Tabelle unten, um Jobs anzuzeigen, die bereits auf der Rescale-Plattform ausgeführt wurden. Es ist dann eine einfache Sache, Klonen Sie den Job und führen Sie es selbst aus, um sich mit der Ausführung von Jobs auf Rescale vertraut zu machen.
Abschließend zeige ich die Ergebnisse der Zeitmessung für die Ausführung eines Lysozym-Modells mit einem Toluol-Liganden, einem Standard-Benchmark, auf mehreren Prozessoren und auch auf einer GPU mit Jade-Kern. Dies sind zwar keine formalen Benchmarks, liefern aber dennoch eine realistische Schätzung der Leistung, die Sie mit Rescale erwarten können. Bei Fragen oder Hilfe beim Einstieg in die Ausführung Ihrer Amber-Simulationen mit Rescale senden Sie eine E-Mail an support@rescale.com. Viel Spaß beim Simulieren!