HMMER-Beispiel

HMMER ist ein Tool zur Suche nach bestimmten Sequenzen in biologischen Anwendungen. Es implementiert Methoden mit probabilistischen Modellen, sogenannten Profil-Hidden-Markov-Modellen (Profil-HMMs). HMMER ist darauf ausgelegt, entfernte Homologe so sensitiv wie möglich zu erkennen und stützt sich dabei auf die Stärke der zugrunde liegenden Wahrscheinlichkeitsmodelle.

Dieses Beispiel ist eine grundlegende Biosequenzierung Simulation HMMER auf Rescale nutzen. Die einfachen Arbeitsabläufe von Rescale helfen Nutzern, HMMER-Simulationen bequem auf mehreren Kernen auszuführen. Bitte Kontaktieren Sie den Rescale-Support wenn Sie Hilfe benötigen.

SimulationscodeHMMER 3.1b1
AnalysetypBiosequenzanalyse
BeschreibungEine DNA-Sequenz wird in einer Datenbank nach exakten und annähernden Übereinstimmungen durchsucht.
Empfohlene HardwareTitan / 1 Core
Befehl 
hmmbuild MADE1.hmm MADE1.sto; nhmmer MADE1.hmm dna_target.fa > MADE1.out
Geschätzte Laufzeit1 Мinuten
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