NAMD-Beispiel

NAMD ist ein paralleler Molekulardynamik-Code, der für hohe Leistung entwickelt wurde Simulation großer biomolekularer Systeme. Basierend auf Charm++-Parallelobjekten skaliert NAMD für typische Simulationen auf Hunderte von Kernen und für die größten Simulationen auf über 200,000 Kerne. NAMD verwendet das beliebte molekulare Grafikprogramm VMD für Simulationsaufbau und Trajektorienanalyse, ist aber auch dateikompatibel mit AMBER, CHARMM und X-PLOR.

Dies ist ein einfaches Beispiel einer Molekulardynamiksimulation auf Rescale. Bitte Kontaktieren Sie den Rescale-Support wenn Sie Hilfe benötigen.

SimulationscodeNAMD v2.11 tcp
AnalysetypMolekulardynamik
BeschreibungMolekulardynamik-Simulationen (MD) zur Berechnung atomarer Flugbahnen durch Lösen empirischer Kraftfeldgleichungen, die die tatsächliche Atomkraft in Biopolymersystemen annähern.
Empfohlene HardwareTitan / 1 Kerne
Befehl 
namd2 bpti_namd_script
Geschätzte Laufzeit2 Мinuten
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