Dies ist ein Gastbeitrag von Eric Lee, einem Rescale-Kunden, der über seine ersten Erfahrungen mit Rescale spricht.
Hallo zusammen! Mein Name ist Eric Lee und ich bin Doktorand an der University of Kansas. An der KU forsche ich im Bereich Nanofluidik, insbesondere im Bereich der Nanobenetzung. Nanofluidik ist die Untersuchung von Nanoströmungen in und um nanogroße Objekte. Im Nanomaßstab gewinnen physikalische Verhaltensweisen, die bei größeren Strukturen nicht beobachtet werden, wie Dispersionskräfte, thermische Schwankungen und hydrodynamischer Schlupf, an Bedeutung. Die Nanofluidik bildet die Grundlage für die Miniaturisierung mikrofluidischer Geräte bis in den Nanomaßstab, wie beispielsweise die Erfindung von Lab-on-a-Chip-Geräten für die PCR und verwandte Techniken.

Im Rahmen meiner Forschung verwende ich einige Molekulardynamik-Codes, wie z. B. LAMMPS, um computergestützte Analysen durchzuführen. LAMMPS ist ein klassischer Molekulardynamik-Code, der von den Sandia National Laboratories vertrieben wird und ein Akronym für Lgroßformatig Atomic/Molekular Massitiv Pparallel SSimulator. Er läuft auf Einzelprozessoren oder parallel und nutzt Message-Passing-Techniken sowie eine räumliche Zerlegung des Simulationsbereichs. Der Code ist so konzipiert, dass er leicht modifiziert oder um neue Funktionen erweitert werden kann.

Um die Skalierbarkeit von LAMMPS voll auszunutzen, mehr Analysen schneller durchzuführen und verschiedene Ergebnisse schnell durchzugehen, benötigte ich Zugriff auf einen großen Computercluster, der sofort mit LAMMPS arbeiten konnte. Von Rescale hörte ich durch einen Freund, der mir empfahl, es für meine Experimente zu verwenden.

Mir fiel auf, dass Rescale LAMMPS und viele andere Softwarecodes domänenübergreifend unterstützte, einschließlich aller benutzerdefinierten Skripte, die Benutzer hochladen wollten. Darüber hinaus schien die Hardware auf dem neuesten Stand zu sein, und ich fragte mich, wie viel schneller meine LAMMPS-Jobs auf Rescale laufen würden.

Ich hatte zunächst einige Fragen zur Funktionsweise von Rescale und zur Unterstützung meiner speziellen LAMMPS-Version. Rescale enthielt zunächst einige für meine Jobs erforderliche benutzerdefinierte LAMMPS-Pakete nicht, aber die Entwickler haben die Pakete sehr schnell zum Laufen gebracht. Ich war sehr dankbar für die schnellen Antworten auf alle meine Anliegen – der Rescale-Support meldete sich in der Regel innerhalb weniger Stunden bei mir. Außerdem schickte man mir einige sehr nützliche Screenshots, die zeigten, wie ich meinen eigenen LAMMPS-Job einrichten konnte.

Das Ausführen eines Jobs auf Rescale ist ganz einfach. Die wichtigsten Schritte sind:
(1) Legen Sie einen Namen für die Simulation fest
(2) Wählen Sie die Anzahl der benötigten Kerne basierend auf den geschätzten Simulationsschritten (je mehr Kerne, desto kürzer ist normalerweise die Simulationszeit).
(3) Laden Sie die Eingabedatei und die zugehörigen Datendateien hoch
(4) Wählen Sie den seriellen / parallelen Analysetyp
(5) Senden Sie den Auftrag ab!

Ich war von der Laufzeitleistung sehr beeindruckt. Meine LAMMPS-Simulationen auf meinen lokalen Rechnern dauern normalerweise etwa vier Tage. Mit Rescale waren dieselben Analysen in weniger als zwölf Stunden abgeschlossen. Dieser enorme Produktivitätsgewinn hat meine Forschungsarbeit enorm unterstützt. Ich war damit sehr zufrieden und freue mich schon darauf, weitere Jobs mit Rescale auszuführen. Bis zum nächsten Mal!

Eric Lee ist Doktorand an der University of Kansas.