Rescale est heureux d'annoncer la disponibilité et la dernière version de la suite de dynamique moléculaire et de modélisation Amber (2014) pour les CPU et les GPU. Je vais passer en revue le processus de demande et de réception d'accès pour exécuter vos simulations Amber. Ensuite, je partagerai les résultats d'un travail typique avec des timings sur une gamme de processeurs et sur le GPU.
L’exécution d’Amber sur Rescale nécessite d’abord l’achat d’une licence Amber ; les étapes pour acheter une licence peuvent être trouvées sur www.ambermd.org. Une fois que vous avez acheté une licence, vous pouvez demander l'accès au progiciel Amber sur Rescale en suivant les étapes suivantes :

1. Connectez-vous à www.rescale.com/login sur le navigateur de votre choix
2. Sélectionner +Nouvel emploi dans le coin supérieur gauche de la page
   
   
3. Cliquez à nouveau Logiciels dans le diagramme de flux de travail ou Paramètres du logiciel dans la liste de contrôle du flux de travail à droite de l'écran
   
   
4. Recherchez Amber dans la liste des logiciels disponibles. Les logiciels sont répertoriés par ordre alphabétique. Toutefois, il existe deux méthodes supplémentaires pour rechercher des logiciels :
   1. Tapez le nom directement dans le champ de recherche
   2. Cliquez sur Sciences de la vie icône pour filtrer les codes par secteur d'activité
      
5. Notez qu'Ambre est grisée ; sélectionner Amber fera apparaître une boîte de dialogue pour envoyer une demande d'accès ; Cliquez sur Envoyer
   
   
6. Un représentant Rescale vous contactera ensuite pour vérifier la propriété de la licence.
7. Rescale vous permettra alors d'accéder à l'exécution de vos simulations Amber sur Rescale.
8. Lors de votre prochaine connexion, vous devriez voir qu'Amber n'est plus grisé.
9. Sélectionnez Amber pour continuer la configuration de votre première tâche Amber. Notez qu'il y a des frais matériels supplémentaires pour exécuter Amber sur Rescale.

Maintenant que vous avez accès à Amber, vous pouvez configurer et exécuter votre première simulation Amber. Voici une la page d'aide cela explique comment procéder. Vous pouvez également cliquer sur l'un des Résultats liens dans le tableau ci-dessous pour voir les tâches déjà exécutées sur la plateforme Rescale. Il est alors simple de cloner le travail et exécutez-le vous-même pour vous familiariser avec l'exécution de tâches sur Rescale.
Enfin, je montrerai les résultats des timings pour exécuter un modèle de lysozyme avec un ligand toluène, un benchmark standard, sur plusieurs processeurs, ainsi que sur un GPU fourni avec le type de cœur Jade. Il ne s’agit pas de références formelles, mais elles fournissent néanmoins des estimations raisonnables des performances que vous pouvez vous attendre à atteindre sur Rescale. Si vous avez des questions ou avez besoin d'aide pour commencer à exécuter vos simulations Amber sur Rescale, envoyez un e-mail à support@rescale.com. Bonne simulation !