Exemple HMMER
HMMER est un outil utilisé pour rechercher des séquences spécifiques dans des applications biologiques. Il implémente des méthodes utilisant des modèles probabilistes appelés modèles de Markov cachés à profil (profil HMM). HMMER est conçu pour détecter les homologues distants avec la plus grande sensibilité possible, en s'appuyant sur la solidité de ses modèles de probabilité sous-jacents.
Cet exemple est un bioséquençage de base simulationLa simulation, c'est expérimenter, tester des scénarios et créer... Autres Utilisation de HMMER sur Rescale. Les flux de travail simplifiés de Rescale aideront les utilisateurs à exécuter facilement des simulations HMMER sur plusieurs cœurs. Veuillez contacter l'assistance Rescale si vous avez besoin d'aide.
| Code de simulation | HMMER 3.1b1 |
| Type d'analyse | Analyse de bioséquence |
| Description | Une séquence d'ADN est recherchée dans une base de données pour des correspondances exactes et proches. |
| Matériel suggéré | Titane / 1 coreune unité de traitement individuelle au sein d'un processeur multicœur o... Autres |
| Command |
hmmbuild MADE1.hmm MADE1.sto; nhmmer MADE1.hmm dna_target.fa > MADE1.out |
| Durée d'exécution estimée | 1 minutes |