Exemple de NAMD
NAMD est un code de dynamique moléculaire parallèle conçu pour des simulationLa simulation, c'est expérimenter, tester des scénarios et créer... Autres des grands systèmes biomoléculaires. Basé sur les objets parallèles Charm++, NAMD s'adapte à des centaines de cœurs pour les simulations typiques et au-delà de 200,000 XNUMX cœurs pour les simulations les plus importantes. NAMD utilise le populaire programme de graphiques moléculaires VMD pour la configuration de la simulation et l'analyse de trajectoire, mais est également compatible en fichiers avec AMBER, CHARMM et X-PLOR.
Voici un exemple simple de simulation de dynamique moléculaire sur Rescale. Veuillez contacter l'assistance Rescale si vous avez besoin d'aide.
| Code de simulation | NAMD v2.11 tcp |
| Type d'analyse | Dynamique moléculaire |
| Description | Simulations de dynamique moléculaire (MD) pour calculer les trajectoires atomiques en résolvant des équations empiriques de champ de force qui se rapprochent de la force atomique réelle dans les systèmes biopolymères. |
| Matériel suggéré | Titane / 1 noyaux |
| Command |
namd2 bpti_namd_script |
| Durée d'exécution estimée | 2 minutes |