Il s'agit d'un article invité d'un client de Rescale, Eric Lee, discutant de sa première expérience Rescale.
Bonjour à tous! Je m'appelle Eric Lee et je suis étudiant diplômé à l'Université du Kansas. À la KU, mes recherches portent sur la nanofluidique, en particulier sur les problèmes de nanomouillage. La nanofluidique est l'étude des nanoflux dans et autour d'objets de taille nanométrique. À l’échelle nanométrique, les comportements physiques qui ne sont pas observés dans les structures plus grandes, tels que les forces de dispersion, les fluctuations thermiques et le glissement hydrodynamique, deviennent très importants. La nanofluidique est à la base de la miniaturisation des dispositifs microfluidiques jusqu'à l'échelle nanométrique, comme l'invention des dispositifs de laboratoire sur puce pour la PCR et les techniques associées.

Dans le cadre de mes recherches, j'utilise certains codes de dynamique moléculaire, tels que LAMMPS, afin d'effectuer des analyses informatiques. LAMMPS est un code classique de dynamique moléculaire, distribué par Sandia National Laboratories et un acronyme pour Là grande échelle Atomique/Mmoléculaire Mactivement Parallèle Sémulateur. Il fonctionne sur des processeurs uniques ou en parallèle en utilisant des techniques de transmission de messages et une décomposition spatiale du domaine de simulation. Le code est conçu pour être facile à modifier ou à étendre avec de nouvelles fonctionnalités.

Afin de tirer pleinement parti de l'évolutivité de LAMMPS, afin de pouvoir exécuter davantage d'analyses plus rapidement et parcourir rapidement divers résultats, j'avais besoin d'accéder à un grand cluster informatique capable de fonctionner immédiatement avec LAMMPS. J'ai entendu parler de Rescale grâce à un ami, qui m'a recommandé d'essayer de l'utiliser pour mes expériences.

J'ai remarqué que Rescale prenait en charge LAMMPS et de nombreux autres codes logiciels dans tous les domaines, y compris tous les scripts personnalisés que les utilisateurs souhaitaient télécharger. De plus, leur matériel semblait être à la pointe de la technologie et je me demandais à quelle vitesse mes tâches LAMMPS pourraient s'exécuter sur Rescale.

J'avais quelques premières questions sur le fonctionnement de Rescale et sur sa capacité à prendre en charge ma version spécifique de LAMMPS. Au départ, Rescale n'incluait pas certains packages LAMMPS personnalisés nécessaires à mes travaux, mais leurs ingénieurs ont fait fonctionner les packages très rapidement. J'ai apprécié leurs réponses rapides à toutes mes préoccupations. L'assistance de Rescale me répondait généralement en quelques heures. Ils m'ont également envoyé des captures d'écran très utiles montrant comment je pouvais configurer mon propre travail LAMMPS.

Le processus pour exécuter une tâche sur Rescale est vraiment simple. Les principales étapes sont :
(1) Définir un nom pour la simulation
(2) Choisissez le nombre de cœurs nécessaires en fonction des étapes de simulation estimées (plus il y a de cœurs, moins le temps de simulation est généralement)
(3) Téléchargez le fichier d'entrée et les fichiers de données associés
(4) Choisissez le type d'analyse série/parallèle
(5) Soumettez le travail !

J'ai été très impressionné par les performances d'exécution. Mes simulations LAMMPS exécutées sur mes machines locales prennent généralement environ 4 jours. Sur Rescale, les mêmes analyses se sont terminées en moins de 12 heures. Ce gain de productivité massif a énormément aidé mes efforts de recherche. J’en ai été vraiment satisfait et j’ai vraiment hâte d’exécuter d’autres tâches sur Rescale. Jusqu'à la prochaine fois!

Eric Lee est un étudiant diplômé à la Université du Kansas.