Gromacs 並列化の例

Gromacs は、主に生化学分子の分子動力学をシミュレートするために使用されるパッケージです。 また、ポリマーなどの非生物学的システムにおける非結合相互作用の計算にも非常に優れています。

これは、Gromacs on Rescale の並列化機能を示す例です。

CodeGromacs 2018 (単精度)
Analysis Type分子動力学
説明MPI を使用した Gromacs の例
Suggested HardwareEmerald / 4 cores
Command
cd d.dppc; gmx_mpi grompp -v; mpirun -np $RESCALE_CORES_PER_SLOT gmx_mpi mdrun
Estimated Run Time7 minutes
Previous versionsImport Job Setup v2016