AutoDock Vina の例

AutoDock Vina は通常、次の目的で使用されます。 分子ドッキングおよび仮想スクリーニング用。 創薬やその他の分子分析にとって重要なプロセス。 AutoDock Vina は、優れたローカル検索ルーチンを備えた改良バージョンであり、マルチコア/マルチ CPU コンピュータ セットアップを利用します。

シンプルなワークフローを備えた Rescale の ScaleX プラットフォームは、AutoDock Vina をバッチ モードで使用して複雑な分子ドッキング シーケンスを実行するために使用できます。

CodeAutoDock Vina 4.2.5.1
Analysis Type分子ドッキングと仮想スクリーニング
Descriptionこれは、Vina 4.2.5.1 を使用した分子ドッキング ジョブです。 まず .pdb ファイルを準備し、AutoDock ユーティリティを使用して Vina に必要な .pdbqt ファイルに変換します。 次に、conf.txt ファイルを使用して AutoDock Vina を実行します。
Suggested Hardwareチタン/4芯
Command
pythonsh $AUTODOCKUTILS/prepare_ceptor4.py -r タンパク質.pdb; pythonsh $AUTODOCKUTILS/prepare_ligand4.py -l ligand.pdb; vina --config conf.txt
Estimated Run Time3 minutes