AutoDock Vina 例題

AutoDock Vinaは、一般的に分子ドッキングのモデル化および仮想スクリーニングに使用されます（創薬やその他の分子解析に重要なプロセス）。AutoDock Vinaは、優れた局所探索ルーチンを備え、マルチコア/マルチCPUコンピュータのセットアップを利用できるように改良されたバージョンです。

Rescale社のScaleXプラットフォームは、そのシンプルなワークフローにより、AutoDock Vinaを用いた複雑な分子ドッキングシーケンスをバッチモードで実行することが可能です。

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Simulation CodeAutoDock Vina 4.2.5.1
Analysis TypeMolecular Docking & Virtual Screening
DescriptionThis is a molecular docking job using Vina 4.2.5.1. It first prepares the .pdb files and turns them into .pdbqt files required by Vina using the AutoDock utilities. It then runs AutoDock Vina using the conf.txt file.
Suggested HardwareTitanium / 4 cores
Command 
pythonsh $AUTODOCKUTILS/prepare_receptor4.py -r protein.pdb;
pythonsh $AUTODOCKUTILS/prepare_ligand4.py -l ligand.pdb;
vina --config conf.txt
Estimated Run Time3 minutes