Gromacs Parallelization 例題
Gromacsは分子動力学シミュレーションに使用されるパッケージで、主に生化学系の分子を対象とします。また、高分子などの非生物系の非結合性相互作用の計算にも非常に優れています。
Gromacs on Rescaleの並列化機能を紹介する例です。
| Simulation Code | Gromacs 2018 (Single Precision) |
| Analysis Type | Molecular dynamics |
| Description | Gromacs example using MPI |
| Suggested Hardware | Emerald / 4 cores |
| Command |
cd d.dppc; gmx_mpi grompp -v; mpirun -np $RESCALE_CORES_PER_SLOT gmx_mpi mdrun |
| Estimated Run Time | 7 minutes |
| Previous versions | Import Job Setup v2016 |