HMMER の例

HMMER は、生物学的応用において特定の配列を検索するために使用されるツールです。 これは、プロファイル隠れマルコフ モデル (プロファイル HMM) と呼ばれる確率モデルを使用したメソッドを実装します。 HMMER は、基礎となる確率モデルの強度に依存して、リモートの相同体を可能な限り高感度に検出するように設計されています。

この例は基本的なバイオシーケンスです Rescale で HMMER を使用します。 Rescale の簡単なワークフローは、ユーザーが複数のコアで HMMER シミュレーションを便利に実行するのに役立ちます。

Simulation Code ハンマー 3.1b1
Analysis Type生物配列解析
DescriptionDNA 配列はデータベースに対して検索され、完全一致およびほぼ一致します。
Suggested Hardwareチタン / 1
Command
hmmbuild MADE1.hmm MADE1.sto; nmmer MADE1.hmm dna_target.fa > MADE1.out
Estimated Run Time1 minutes