HMMER 例題

HMMERは、生物学における特定配列の探索に用いられるツールである。プロファイル隠れマルコフモデル（profile HMM）と呼ばれる確率モデルを用いた手法を実装している。HMMERは、その基礎となる確率モデルの強さに依存して、遠隔地のホモログをできるだけ敏感に検出するように設計されています。

この例は、Rescale上のHMMERを使用した基本的なバイオシークエンスシミュレーションです。Rescaleの簡単なワークフローは、ユーザーがマルチコアでHMMERシミュレーションを便利に実行するのに役立ちます。

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Simulation CodeHMMER 3.1b1
Analysis TypeBiosequence analysis
DescriptionA DNA sequence is searched against a database for exact and near matches.
Suggested HardwareTitanium / 1 core
Command 
hmmbuild MADE1.hmm MADE1.sto; nhmmer MADE1.hmm dna_target.fa > MADE1.out
Estimated Run Time1 minutes