LAMMPS 例題

LAMMPS(Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator)は、分子動力学シミュレータである。LAMMPSは固体物質(金属、半導体)、ソフトマター(生体分子、高分子)、粗視化システム、メゾスコピックシステムへの応用が期待されている。原子をモデル化したり、より一般的には原子、メゾ、連続体スケールの並列粒子シミュレータとして使用することができます。空間分解技術を使って解を計算するため、複数のプロセッサでうまく並列化することができます。並列計算機上では、LAMMPSは空間分解法を用いてシミュレーション領域を小さな3次元サブドメインに分割し、そのうちの1つを各プロセッサーに割り当てます。

Rescaleでは、LAMMPSのシミュレーションを複数のコアで簡単に実行でき、結果を便利に管理することができます。

LAMMPS Basic 例題

この例では、溶媒和脂質二重層中のロドプシンタンパク質のシミュレーションを行います。

Post processing visualization of results

ポスト処理による結果の可視化

Simulation CodeLAMMPS Mar 2019
Analysis TypeMolecular dynamics
DescriptionAll-atom rhodopsin protein in solvated lipid bilayer with CHARMM force field, long-range Coulombics via PPPM (particle-particle particle mesh), SHAKE constraints.
Suggested HardwareEmerald / 2 cores
Command
mpirun lmp_rescale -in in.rhodo
Estimated Run Time10 minutes
Previous versionsImport Job Setup Lammps Aug 2015