LAMMPS 例題

LAMMPS（Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator）は、分子動力学シミュレータである。LAMMPSは固体物質（金属、半導体）、ソフトマター（生体分子、高分子）、粗視化システム、メゾスコピックシステムへの応用が期待されている。原子をモデル化したり、より一般的には原子、メゾ、連続体スケールの並列粒子シミュレータとして使用することができます。空間分解技術を使って解を計算するため、複数のプロセッサでうまく並列化することができます。並列計算機上では、LAMMPSは空間分解法を用いてシミュレーション領域を小さな3次元サブドメインに分割し、そのうちの1つを各プロセッサーに割り当てます。

Rescaleでは、LAMMPSのシミュレーションを複数のコアで簡単に実行でき、結果を便利に管理することができます。

LAMMPS Basic 例題

この例では、溶媒和脂質二重層中のロドプシンタンパク質のシミュレーションを行います。

ポスト処理による結果の可視化

mpirun lmp_rescale -in in.rhodo

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