LAMMPS の例
LAMMPS (Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator) は、分子動力学シミュレーターです。 LAMMPS には、固体材料 (金属、半導体) およびソフトマター (生体分子、ポリマー)、および粗粒またはメゾスコピック系の可能性があります。 使用できます システムの数値的、記号的、または論理的表現... その他 原子、またはより一般的には、原子、メソ、または連続体スケールの並列粒子シミュレーターとして。 空間分解技術を使用したソリューションを使用して計算するため、複数のプロセッサ間で適切に並列化できます。 並列コンピュータでは、LAMMPS は空間分解技術を使用して、 シミュレーションは実験であり、シナリオをテストし、作成することです... その他 ドメインを小さな 3D サブドメインに分割し、そのうちの XNUMX つが各プロセッサに割り当てられます。
Rescale では、LAMMPS シミュレーションを複数のコアにわたって簡単に実行でき、結果を簡単に管理できます。
LAMMPS の基本的な例
この例は、溶媒和脂質二重層内のロドプシンタンパク質のシミュレーションです。
後処理 可視化ビジュアライゼーションは、複雑な科学的または... その他 結果の
Simulation Code | ランプス 2019年XNUMX月 |
Analysis Type | 分子動力学 |
説明 | CHARMM力場、PPPM(粒子間粒子メッシュ)による長距離クーロンビックス、SHAKE制約を備えた溶媒和脂質二重層内の全原子ロドプシンタンパク質。 |
Suggested Hardware | Emerald / 2 cores |
Command |
mpirun lmp_rescale -in in.rhodo |
Estimated Run Time | 10 minutes |
Previous versions | インポート ジョブ セットアップ ランプ 2015 年 XNUMX 月 |
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