LAMMPS の例

LAMMPS (Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator) は、分子動力学シミュレーターです。 LAMMPS には、固体材料 (金属、半導体) およびソフトマター (生体分子、ポリマー)、および粗粒またはメゾスコピック系の可能性があります。 使用できます 原子、またはより一般的には、原子、メソ、または連続体スケールの並列粒子シミュレーターとして。 空間分解技術を使用したソリューションを使用して計算するため、複数のプロセッサ間で適切に並列化できます。 並列コンピュータでは、LAMMPS は空間分解技術を使用して、 ドメインを小さな 3D サブドメインに分割し、そのうちの XNUMX つが各プロセッサに割り当てられます。

Rescale では、LAMMPS シミュレーションを複数のコアにわたって簡単に実行でき、結果を簡単に管理できます。

LAMMPS の基本的な例

この例は、溶媒和脂質二重層内のロドプシンタンパク質のシミュレーションです。

結果のポストプロセスの視覚化

後処理 可視化 結果の

Simulation Code ランプス 2019年XNUMX月
Analysis Type分子動力学
DescriptionCHARMM力場、PPPM(粒子間粒子メッシュ)による長距離クーロンビックス、SHAKE制約を備えた溶媒和脂質二重層内の全原子ロドプシンタンパク質。
Suggested HardwareEmerald / 2 cores
Command
mpirun lmp_rescale -in in.rhodo
Estimated Run Time10 minutes
Previous versionsインポート ジョブ セットアップ ランプ 2015 年 XNUMX 月

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