分子動力学
このチュートリアルでは、Gromacs on Rescaleを用いた基本的な分子動力学シミュレーションを紹介します。このドキュメントに含まれる指示に従っていただければ、ゼロからジョブをセットアップして投入する方法がステップバイステップで紹介されます。また、ページ右上のImport Job Setupをクリックすると、すでに実行されているジョブのクローンを作成することができます。クローンしたジョブの設定を自由に変更し、Rescaleのプラットフォームに慣れてください。
お困りの方はRescaleサポートにご連絡ください。

タンパク質を埋め込んだDPPC膜を用いた同様の分子動力学シミュレーションの可視化。(画像提供:Justin Lemkul)
シミュレーションの説明
所要時間約23分:また、上の「Get Job Results」リンクをクリックすると、Gromacsを用いた分子動力学シミュレーションのフルセットアップと結果を確認することができます。
シミュレーションの様子:リン脂質膜は、1024個のジパルミトイルホスファチジルコリン(DPPC)脂質からなる二層構造で、脂質あたり23個の水分子、合計121,856個の原子で構成されています。
ワークフロー:このチュートリアルでは、Gromacs シミュレーションを 1 回実行し、最終結果を出力します。このチュートリアルのワークフローは、2つのパートで構成されています。
- Gromacsプリプロセッサ(grompp.mdp)
- 分子動力学シミュレーションを完成させる計算化学エンジン(mdrun)
シミュレーションソフト: Gromacs
ステータス
これで、「ステータス」タブでジョブの進行状況を確認することができます。このタブは、下の画像で赤くハイライトされています。このジョブの投入には、全体で約22分かかるはずです。ジョブが投入されると、クラスタが起動するまでに通常3分から7分かかります。
- この解析はすべてクラウド上で実行されるため、ブラウザウィンドウを閉じたり、コンピュータをシャットダウンしても問題ありません。Rescaleにログインしてジョブタブをクリックすれば、いつでも進行状況を確認することができます。ジョブが完了すると、お知らせのメールが届きます。
- RescaleのLive Tailing機能は、以下のように見ることもできます。この例では、d.dppc/md.log と process_output.log というファイルを使って、ジョブの進捗を監視することができます。

結果

上図で赤くハイライトされている「結果」タブには、ジョブに関連するすべての結果ファイルが表示されます。このページでは、以下のことができます。
- ダウンロードをクリックすると、このジョブに関連するすべてのファイルがダウンロードされます。
- 一定サイズ以下のファイルは、「アクション」メニューの「表示」アイコンをクリックして、ブラウザで個別に表示できます。以下に例を示します。

最後に、結果をダウンロードして、自分のジョブ結果と比較するのもいいかもしれません。