分子動力学
このチュートリアルでは、基本的な分子動力学を紹介します。 シミュレーションは実験であり、シナリオをテストし、作成することです... その他 RescaleのGromacsで。 このドキュメントに記載されている指示に従えば、ジョブを最初からセットアップして送信する方法が段階的に示されます。 または、 Import Job Setup ページの右上にある をクリックして、既に実行したジョブのクローンを作成します。 Rescale プラットフォームに慣れるために、複製されたジョブの設定を自由に変更できます。
お困りの方は Rescale Support にご連絡ください。

可視化ビジュアライゼーションは、複雑な科学的または... その他 タンパク質が埋め込まれた DPPC 膜を使用した同様の分子動力学シミュレーション。 (画像提供:ジャスティン・レムクル)
シミュレーションの説明
演奏時間:約23分。 または、 Get Job Results 上記のリンクをクリックして、Gromacs を使用した分子動力学シミュレーションの完全なセットアップと結果を確認してください。
シミュレーション: リン脂質膜。二重層構成の 1024 個のジパルミトイルホスファチジルコリン (DPPC) 脂質で構成され、脂質あたり 23 個の水分子、合計 121,856 個の原子を含みます。
ワークフロー: このチュートリアルでは、Gromacs シミュレーションを 2 回実行して最終結果を出力します。 このチュートリアルのワークフローは XNUMX つの部分で構成されます。
- Gromacs プリプロセッサ (
grompp.mdp
) - 分子動力学シミュレーションを完了する計算化学エンジン (
mdrun
)
シミュレーションソフトウェア: グロマック
Status:
これで、ジョブの進行状況を監視できるようになりました。 Status: タブ。 このタブは、下の画像で赤で強調表示されています。 このジョブを送信するプロセス全体には約 22 分かかります。 ジョブが送信されると、通常は XNUMX ~ XNUMX 分かかります。 コンピューティング クラスターは、緩やかまたは緊密な一連のコンピューティング クラスターで構成されます。 その他 起動します。
- この分析は完全にクラウドで実行されるため、ブラウザ ウィンドウを閉じるか、コンピュータをシャットダウンしても構いません。 ログインすればいつでも進捗状況を確認できます Rescale をクリックして Jobs > Create New Job タブ。 ジョブが完了すると、通知するメールが届きます。
- リスケールの Live Tailingリアルタイム ログ監視またはライブ ログ記録とも呼ばれます。 その他 機能は以下でもご覧いただけます。 この特定の例では、ファイル
d.dppc/md.log
やprocess_output.log
ジョブの進行状況を監視するために使用できます。


また, 上で赤で強調表示されているタブには、ジョブに関連付けられたすべての結果ファイルが表示されます。 このページでは次のことができます。
- ソフトウェアの制限をクリック Download このジョブに関連付けられたすべてのファイルをダウンロードするには
- 特定のサイズ未満の個々のファイルをブラウザで表示するには、 View のアイコン メニュー。 以下に例を示します

最後に、 結果 自分の仕事の結果と比較するためです。