分子動力学
このチュートリアルでは、基本的な分子動力学を紹介します。 シミュレーションは実験であり、シナリオをテストし、作成することです... その他 RescaleのGromacsで。 このドキュメントに記載されている指示に従えば、ジョブを最初からセットアップして送信する方法が段階的に示されます。 または、 Import Job Setup ページの右上にある をクリックして、既に実行したジョブのクローンを作成します。 Rescale プラットフォームに慣れるために、複製されたジョブの設定を自由に変更できます。
お困りの方は Rescale Support にご連絡ください。
可視化ビジュアライゼーションは、複雑な科学的または... その他 タンパク質が埋め込まれた DPPC 膜を使用した同様の分子動力学シミュレーション。 (画像提供：ジャスティン・レムクル)
シミュレーションの説明
演奏時間：約23分。 または、 Get Job Results 上記のリンクをクリックして、Gromacs を使用した分子動力学シミュレーションの完全なセットアップと結果を確認してください。
シミュレーション: リン脂質膜。二重層構成の 1024 個のジパルミトイルホスファチジルコリン (DPPC) 脂質で構成され、脂質あたり 23 個の水分子、合計 121,856 個の原子を含みます。
ワークフロー: このチュートリアルでは、Gromacs シミュレーションを 2 回実行して最終結果を出力します。 このチュートリアルのワークフローは XNUMX つの部分で構成されます。
- Gromacs プリプロセッサ (
grompp.mdp) - 分子動力学シミュレーションを完了する計算化学エンジン (
mdrun)
シミュレーションソフトウェア: グロマック
Rescale の使用を開始するには、にアクセスしてください。 platform.rescale.com アカウント情報を使用してログインします。 Rescale を使用するには、追加のソフトウェアをダウンロードしたり実装したりする必要はありません。 Rescale はブラウザベースなので、コンピュータから分析に安全にアクセスできます。 ワークステーションは、プロ向けに設計された強力なコンピュータ システムです。 その他 または自宅のコンピュータから。
プラットフォームのメイン画面で、 +新しい仕事 画面の左上隅にあるボタン。 これにより、XNUMX 件中最初の件に移動します ページ
まず、ジョブに名前を付ける必要があります。 Rescale のプラットフォームではすべてのジョブが保存されるため、後でジョブを再度見つけられるように、何か具体的な名前を付けることをお勧めします。 (例: チュートリアル 2: 分子動力学) プロジェクトの名前を変更するには、ウィンドウの左上隅にある現在のジョブ名の横にある鉛筆 (下図の青で表示) をクリックします。
次に、使用する入力ファイルをアップロードします。 ファイルを選択してください 以下の赤で強調表示されているボタン。 このチュートリアルでは、 d.dppc.zip チュートリアルの開始時にダウンロードしたファイル。
完了すると、 Input Files セットアップ ページは以下のようになります。
次に、分析に使用するソフトウェア モジュールを選択する必要があります。 このデモでは、下にスクロールして [Gromacs] をクリックします。
Gromacs を選択すると、 使えるようになる。
- バージョンを選択 2016.1 (MPICH、単精度、AVX2) バージョン選択ドロップダウン メニューから
- 次に、プロジェクトに分析実行コマンドを追加する必要があります。 これは、使用されているソフトウェア パッケージと入力ファイルに固有のコマンドです。 この入力ファイルと Gromacs の実行コマンドは次のようになります。
cd d.dppc; gmx grompp -v; gmx mdrun
完成 以下の画像のようになります。
次のステップは、ジョブに必要なコンピューティング ハードウェアを選択することです。 クリックしてください ハードウェアの設定 これを行うにはアイコンをクリックします。
このページでは、希望するものを選択する必要があります マルチコアプロセッサ内の個々の処理ユニット... その他 タイプと必要なコアの数。 このデモでは、ドロップダウン メニューを使用して ニッケル コアタイプと コア数、コアを XNUMX つ選択します。 あなたの ハードウェアの設定 画面は次のようになります。
このチュートリアルでは、オプションの後処理ステップを省略します。 の レビュー ページには、設定したジョブの概要が表示されます。 以下に示す例のようになります。 この段階で、ジョブを保存して送信できます。
Status:
これで、ジョブの進行状況を監視できるようになりました。 Status: タブ。 このタブは、下の画像で赤で強調表示されています。 このジョブを送信するプロセス全体には約 22 分かかります。 ジョブが送信されると、通常は XNUMX ～ XNUMX 分かかります。 コンピューティング クラスターは、緩やかまたは緊密な一連のコンピューティング クラスターで構成されます。 その他 起動します。
- この分析は完全にクラウドで実行されるため、ブラウザ ウィンドウを閉じるか、コンピュータをシャットダウンしても構いません。 ログインすればいつでも進捗状況を確認できます Rescale をクリックして Jobs > Create New Job タブ。 ジョブが完了すると、通知するメールが届きます。
- リスケールの Live Tailingリアルタイム ログ監視またはライブ ログ記録とも呼ばれます。 その他 機能は以下でもご覧いただけます。 この特定の例では、ファイル
d.dppc/md.logやprocess_output.logジョブの進行状況を監視するために使用できます。
また, 上で赤で強調表示されているタブには、ジョブに関連付けられたすべての結果ファイルが表示されます。 このページでは次のことができます。
- ソフトウェアの制限をクリック Download このジョブに関連付けられたすべてのファイルをダウンロードするには
- 特定のサイズ未満の個々のファイルをブラウザで表示するには、 View のアイコン メニュー。 以下に例を示します
最後に、 結果 自分の仕事の結果と比較するためです。