HMMER 예

HMMER는 생물학적 응용에서 특정 서열을 검색하는 데 사용되는 도구입니다. 이는 프로파일 은닉 마르코프 모델(프로파일 HMM)이라는 확률 모델을 사용하여 방법을 구현합니다. HMMER는 기본 확률 모델의 강점에 의존하여 가능한 한 민감하게 원격 상동체를 감지하도록 설계되었습니다.

이 예는 기본적인 바이오시퀀싱입니다. 시뮬레이션 Rescale에서 HMMER를 사용합니다. Rescale의 쉬운 작업 흐름은 사용자가 여러 코어에서 HMMER 시뮬레이션을 편리하게 실행할 수 있도록 도와줍니다.

시뮬레이션 코드HMMER 3.1b1
분석 유형생물학적 서열 분석
기술설명정확하고 거의 일치하는 DNA 서열을 데이터베이스에서 검색합니다.
권장 하드웨어티타늄 / 1 core
Command
hmmbuild MADE1.hmm MADE1.sto; nhmmer MADE1.hmm dna_target.fa > MADE1.out
예상 실행 시간1 분