NAMD 예

NAMD는 고성능을 위해 설계된 병렬 분자 역학 코드입니다. 시뮬레이션 대규모 생체분자 시스템. Charm++ 병렬 개체를 기반으로 하는 NAMD는 일반적인 시뮬레이션의 경우 수백 개의 코어로 확장되고 가장 큰 시뮬레이션의 경우 200,000개 이상의 코어로 확장됩니다. NAMD는 시뮬레이션 설정 및 궤적 분석을 위해 널리 사용되는 분자 그래픽 프로그램 VMD를 사용하지만 AMBER, CHARMM 및 X-PLOR와도 파일 호환됩니다.

이것은 Rescale의 분자 역학 시뮬레이션의 간단한 예입니다.

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작업 결과 가져오기
시뮬레이션 코드NAMD v2.11 TCP
분석 유형분자 역학
기술설명생체고분자 시스템의 실제 원자력을 근사화하는 경험적 역장 방정식을 풀어 원자 궤적을 계산하는 분자 역학(MD) 시뮬레이션.
권장 하드웨어티타늄 / 1코어
Command 
namd2 bpti_namd_script
예상 실행 시간2 분
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