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Rescale의 분자 역학 시뮬레이션을 위한 Amber 소개

시그블로그
Rescale은 CPU 및 GPU용 Amber(2014) 분자 역학 및 모델링 제품군의 출시 및 최신 릴리스를 발표하게 된 것을 기쁘게 생각합니다. Amber 시뮬레이션을 실행하기 위한 액세스 권한을 요청하고 받는 프로세스를 살펴보겠습니다. 그런 다음 다양한 프로세서 수와 GPU의 타이밍을 사용하여 일반적인 작업 결과를 공유하겠습니다.
Rescale에서 Amber를 실행하려면 먼저 Amber 라이선스를 구매해야 합니다. 라이센스 구매 단계는 다음에서 확인할 수 있습니다. www.ambermd.org. 라이센스를 구매한 후에는 다음 단계를 수행하여 Rescale에서 Amber 소프트웨어 패키지에 대한 액세스를 요청할 수 있습니다:

  1. 유튜브에서 www.rescale.com/login 선택한 브라우저에서
  2. 선택 +새 직업 페이지 왼쪽 상단에
    소개
  3. 소프트웨어 워크플로 다이어그램에서 또는 소프트웨어 설정 화면 오른쪽의 워크플로 체크리스트에서
    소프트웨어설정
  4. 사용 가능한 소프트웨어 목록에서 Amber를 찾으세요. 소프트웨어는 알파벳순으로 나열되어 있지만 소프트웨어를 찾는 데 사용할 수 있는 두 가지 추가 방법이 있습니다.
    1. 검색창에 이름을 직접 입력하세요
    2. 클릭 생명과학 산업별로 코드를 필터링하는 아이콘
      선택
  5. 황색은 회색으로 표시됩니다. 황색을 선택하면 액세스 요청을 보내는 대화 상자가 나타납니다. 딸깍 하는 소리 전송
    의뢰
  6. 그러면 Rescale 담당자가 라이센스 소유권을 확인하기 위해 귀하에게 연락할 것입니다.
  7. Rescale은 Rescale에서 Amber 시뮬레이션을 실행할 수 있는 액세스를 활성화합니다.
  8. 다음 로그인 시에는 황색이 더 이상 회색으로 표시되지 않는 것을 볼 수 있습니다.
  9. 첫 번째 Amber 작업 설정을 계속하려면 Amber를 선택하세요. Rescale에서 Amber를 실행하려면 추가 하드웨어 요금이 부과됩니다.

이제 Amber에 액세스할 수 있으므로 첫 번째 Amber 시뮬레이션을 설정하고 실행할 수 있습니다. 여기에는 페이지를 도와 이 작업을 수행하는 방법을 설명합니다. 다음 중 하나를 클릭할 수도 있습니다. 결과 Rescale 플랫폼에서 이미 실행된 작업을 보려면 아래 표의 링크를 참조하세요. 그러면 간단한 문제입니다 작업 복제 Rescale에서 작업을 실행하는 방법에 익숙해지도록 직접 실행해 보세요.
마지막으로 표준 벤치마크인 톨루엔 리간드를 사용하여 여러 프로세서 수와 Jade 코어 유형이 제공되는 GPU에서 리소자임 모델을 실행하는 타이밍 결과를 보여 드리겠습니다. 이는 공식적인 벤치마크는 아니지만 Rescale에서 달성할 것으로 기대할 수 있는 성능에 대한 합리적인 추정치를 제공합니다. Rescale에서 Amber 시뮬레이션 실행을 시작하는 데 질문이 있거나 도움이 필요한 경우 다음 주소로 이메일을 보내주세요. support@rescale.com. 즐거운 시뮬레이션 되세요!

톨루엔이 포함된 리소자임 – 29,074개의 명시적 물을 포함한 원자 8802개 – 니켈 코어 유형
#CPUns/일상대적 스케일링 
11.631.0결과
45.540.85결과
1614.980.21결과
    
#GPUns/일속도를 올리다 (상대 CPU 4개) 
155.5410.0X결과

 

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