Rescale에서 NWChem 실행

회사 개요

Nwchem은 Pacific Northwest National Laboratory(PNNL)에서 개발된 오픈 소스 소프트웨어입니다. 원래는 병렬 아키텍처를 위해 설계되었으며 확장 성...더욱 증가하는 양의 작업을 처리할 수 있는 시스템의 능력 더 보기 최대 10,000개의 프로세서(일부는 100,000개까지)

NWChem은 전자 파동함수 또는 밀도에 대한 표준 양자역학적 설명을 사용하여 분자 및 주기 시스템의 특성을 계산하는 다양한 방법을 제공합니다. 고전적인 분자 역학 기능은 다음을 제공합니다. 시뮬레이션시뮬레이션은 실험, 테스트 시나리오 및 제작입니다. 더 보기 다양한 역장을 사용한 자유 에너지 계산을 포함한 고분자 및 솔루션. 생체분자, 나노입자 및 중원소를 포함한 광범위한 분자 분자의 전자 구조(비상대론적, 상대론적, ECP, XNUMX차 및 XNUMX차 파생물)를 NWChem을 사용하여 모델링할 수 있습니다.

입문 튜토리얼

이 예에서는 NWChem을 사용하여 NaCl의 정전기 전위와 전기장의 크기를 계산합니다. 

이 튜토리얼에서는 Rescale 플랫폼에 NWChem 작업을 제출하는 방법을 소개합니다. 입력 파일은 이미 로컬 컴퓨터에 생성되어 있으며 Rescale 작업을 시작하고 제출하고 결과를 컴퓨터로 다시 전송하는 방법을 보여줍니다.

작업 구성

작업 만들기

Rescale 플랫폼을 시작하려면 다음으로 이동하세요. platform.rescale.com 그리고 귀하의 계정 정보를 사용하여 로그인할 수 있습니다. 

플랫폼 메인 화면에서 +새 일자리 만들기 화면 왼쪽 상단에 있는 버튼을 클릭하세요. 작업 이름 옆에 있는 연필 아이콘을 클릭하여 작업 이름을 자유롭게 바꿀 수 있습니다. (“제목 없는 작업”) 페이지 상단에

이것이 귀하의 직업을 제출하는 첫 번째 단계입니다.

입력 파일

다음 단계는 입력 파일을 업로드하는 것입니다.
로컬 컴퓨터에서 입력 파일을 업로드하거나 이미 클라우드에 있는 경우 다음을 사용하여 업로드할 수 있습니다. 클라우드 스토리지데이터를 저장, 액세스 및 공유하는 간단하고 확장 가능한 방법입니다. 더 보기.

이 튜토리얼에서는 튜토리얼 시작 시 다운로드한 NaCl.nw 파일을 업로드해야 합니다. 완료되면 아래와 같은 입력 파일 설정 페이지가 표시됩니다.

소프트웨어 설정

다음 단계는 원하는 소프트웨어를 추가하는 것입니다. 타일을 검색하거나 직접 선택할 수 있습니다. NWChem. 이 튜토리얼에서는 NWchem 7.0.2가 사용됩니다.

아래의 분석 옵션 탭에서 원하는 버전과 적절한 명령줄을 선택할 수 있습니다.. 

분석 실행 명령은 사용되는 각 소프트웨어 패키지 및 각 입력 파일에 따라 다릅니다. 이 입력 파일의 경우 다음을 추가해야 합니다.

mpirun -np $RESCALE_CORES_PER_SLOT nwchem NaCl.nw

NWChem은 오픈 소스 소프트웨어이므로 어떤 유형의 라이선스도 지정할 필요가 없습니다. 소프트웨어 설정 아래 이미지와 같아야 합니다.

하드웨어 설정

이제 실행할 코어의 유형과 수를 선택할 수 있습니다. 하드웨어 설정 페이지를 확인하시기 바랍니다.

기본 작업의 경우 편집할 세 가지 하드웨어 설정이 있습니다. 코어타입다양한 HPC에 맞게 사전 구성되고 최적화된 아키텍처... 더 보기, 코어 수 및 월타임.

이 경우 코어수(2)는 1개 이상, 월타임(6)은 2시간 이상, 에메랄드(Emerald)는 XNUMX시간 이상을 선택하세요. 핵심멀티코어 프로세서 내의 개별 처리 장치 더 보기 유형. Rescale은 On-Demand Economy 및 On-Demand Priority 핵심 유형 옵션을 제공합니다. 이 옵션에 대한 자세한 정보를 찾을 수 있습니다 여기에서 확인하세요.

따로 지정할 필요는 없습니다 처리를 게시 이 튜토리얼의 옵션입니다. 계속하려면 검토, 클릭 다음 인사말 처리를 게시 화면.

선택 사항을 검토한 후 이제 케이스를 일괄 제출할 준비가 되었습니다.

검토

검토 단계에서는 제출 전 작업 요약을 보여줍니다. 작업을 제출하려면 파란색을 클릭하세요. 문의하기 작업 구성 페이지의 오른쪽 상단이나 작업 중간에 있는 버튼 검토 페이지를 확인하시기 바랍니다.

또는 작업을 제출하는 대신 다음을 선택할 수 있습니다. 찜하기 나중에 실행될 문제 설정입니다.

Status

이제 상태 탭에서 작업 진행 상황을 모니터링할 수 있습니다. 작업 상태를 모니터링하고 작업에 대한 정보를 얻을 수 있습니다. 클러스터컴퓨팅 클러스터는 느슨하게 또는 긴밀하게 연결된 집합으로 구성됩니다. 더 보기 실시간. 또한 "process_out.log in" 출력을 볼 수 있습니다. 라이브 테일링.

이 분석은 전적으로 클라우드에서 실행되므로 브라우저 창을 닫거나 컴퓨터를 종료해도 됩니다. Rescale에 로그인하고 Jobs 탭을 클릭하면 언제든지 진행 상황을 확인할 수 있습니다. 작업이 완료되면 이를 알리는 이메일을 받게 됩니다. Rescale의 "Monitoring Status"에 대한 가이드를 찾았습니다. 여기에서 확인하세요.

결과

작업 실행이 완료되면 다음을 수행할 수 있습니다. 다운로드 모든 출력 파일은 결과 페이지. 또한 데스크탑을 실행하고 이 작업을 연결하여 사후 처리를 수행할 수도 있습니다.

에 대한 가이드 작업 결과 관리 Rescale에서 발견되었습니다. 여기에서 확인하세요.

데스크탑 구성

작업이 완료되면 다음 단계에 따라 Rescale Desktop에서 결과를 확인하세요.

데스크톱 세션을 설정합니다.

• 아래의 워크스테이션 탭을 선택 클래식 데스크탑.
• 플랫폼 메인 화면에서 +새 데스크탑 생성 화면 왼쪽 상단에 있는 버튼을 클릭하세요. 데스크톱 이름 옆에 있는 연필 아이콘을 클릭하여 데스크톱 이름을 자유롭게 바꿀 수 있습니다. (“제목 없는 데스크탑”) 페이지 상단에 있습니다. Rescale의 플랫폼은 모든 데스크탑을 저장하므로 나중에 다시 찾을 수 있도록 구체적인 이름을 지정하는 것이 좋습니다.
• 다음 단계에서는 필요한 소프트웨어를 구성할 수 있습니다. 
• 이 튜토리얼의 목적에 따라VMD GUI 선택되었습니다. 분석 옵션 탭에서 이 튜토리얼의 목적에 따라 1.9.3으로 간주되는 선호하는 버전을 선택할 수 있습니다.
• 작업 섹션에서 Rescale 데스크탑에서 사용하려는 특정 작업을 연결할 수 있습니다.
• 하드웨어의 경우 "를 사용하는 것이 좋습니다.Windows 서버서버는 다른 사람에게 서비스를 제공하는 컴퓨터 프로그램입니다. 더 보기 2019 – 하드웨어 가속”, 이는 이 튜토리얼의 목적에 매우 적합합니다.
• 이제 선택할 수 있습니다. 시작 플랫폼의 오른쪽 상단 모서리에 있는 데스크톱이 연결될 때까지 몇 분 정도 기다립니다.

데스크탑이 생성되면 연결하기 플랫폼 오른쪽 상단에 있는 버튼:

이제 시스템에 연결되었으므로 소프트웨어를 두 번 클릭하여 실행하고 결과를 로드할 수 있습니다. 데스크탑에 연결된 모든 작업은 데스크탑의 폴더를 통해 액세스할 수 있습니다. 

ESP(정전기 전위) 표면 맵을 시각화하려면:

• VMD 상단 표시줄에서 입양 부모로서의 귀하의 적합성을 결정하기 위해 미국 이민국에 새 분자를 선택합니다. 
• 찾기 esp-pad.cube Attached_job 파일의 파일
• 다음 단계에서  그래픽 → 표현 그리고 착색방법 에 음량 그리고 그리기 방법 에 등가곡면.
• 변경 등가치 0.1로.
• 변경 그리기 에 단단한 표면 그리고 쇼 에 등가곡면.
• 최종 설정 페이지는 아래와 같습니다.

• 다음 단계에서 그래픽 → 색상, 인간을 컬러 스케일 탭 변경 색상 유형 에 RGB :

• 이제 다시 그래픽 표현 → 궤적 그리고 컬러 스케일 데이터 범위 -0.00에서 0.10까지.

NaCl의 ESP 맵은 대략 다음과 같습니다.