램프 예

LAMMPS(대규모 원자/분자 대규모 병렬 시뮬레이터)는 분자 역학 시뮬레이터입니다. LAMMPS는 고체 물질(금속, 반도체)과 연성 물질(생체 분자, 폴리머) 및 거친 입자 또는 메조스코픽 시스템에 대한 잠재력을 가지고 있습니다. 그것은 사용될 수 있습니다 모델 원자 또는 더 일반적으로는 원자, 중간 또는 연속체 규모의 병렬 입자 시뮬레이터로 사용됩니다. 공간 분해 기술을 사용하는 솔루션을 사용하여 계산하므로 여러 프로세서에서 병렬화를 잘 수행할 수 있습니다. 병렬 컴퓨터에서 LAMMPS는 공간 분해 기술을 사용하여 시뮬레이션 도메인을 작은 3D 하위 도메인으로 나누고, 그 중 하나가 각 프로세서에 할당됩니다.

Rescale에서는 LAMMPS 시뮬레이션을 여러 코어에서 쉽게 실행할 수 있으며 결과를 편리하게 관리할 수 있습니다.

LAMMPS 기본 예

이 예는 용매화된 지질 이중층의 로돕신 단백질에 대한 시뮬레이션입니다.

결과의 후처리 시각화

사후 처리 심상 결과의

시뮬레이션 코드2019년 XNUMX월 LAMMPS
분석 유형분자 역학
기술설명CHARMM 역장, PPPM(입자-입자 입자 메쉬)을 통한 장거리 쿨롱, SHAKE 제약 조건을 갖춘 용매화 지질 이중층의 모든 원자 로돕신 단백질.
권장 하드웨어에메랄드 / 2심
Command
mpirun lmp_rescale -in in.rhodo
예상 실행 시간10 분
이전 버전가져오기 작업 설정 램프 2015년 XNUMX월

-