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Rescale の分子動力学シミュレーション用 Amber の紹介

シグブログ
Rescale は、CPU および GPU 用の Amber (2014) 分子動力学およびモデリング スイートの入手可能性と最新リリースを発表できることを嬉しく思います。 Amber シミュレーションを実行するためのアクセスを要求および受信するプロセスについて説明します。 次に、さまざまなプロセッサ数および GPU 上のタイミングでの典型的なジョブの結果を共有します。
Rescale で Amber を実行するには、まず Amber ライセンスを購入する必要があります。 ライセンスを購入する手順は、次のサイトで確認できます。 www.ambermd.org。 ライセンスを購入したら、次の手順を実行して、Rescale の Amber ソフトウェア パッケージへのアクセスをリクエストできます。

  1. にサインイン www.rescale.com/login 選択したブラウザ上で
  2. 選択 をクリックします。 ページの左上隅にある
    イントロ
  3. ソフトウェア ワークフロー図または ソフトウェアの設定 画面右側のワークフローチェックリストで
    ソフトウェア設定
  4. 利用可能なソフトウェアのリストでオレンジ色を見つけます。 ソフトウェアはアルファベット順にリストされていますが、ソフトウェアを見つけるにはさらに XNUMX つの方法があります。
    1. 検索ボックスに名前を直接入力します
    2. 生命科学 業界別にコードをフィルタリングするアイコン
      選択
  5. 琥珀色がグレー表示になっていることに注目してください。 黄色を選択すると、アクセス要求を送信するためのダイアログ ボックスが表示されます。 クリック 送信
    リクエスト
  6. その後、Rescale の担当者がライセンスの所有権を確認するために連絡します。
  7. Rescale により、Rescale で Amber シミュレーションを実行できるようになります。
  8. 次回ログインすると、オレンジ色がグレー表示されていないことがわかります。
  9. 最初の Amber ジョブの設定を続けるには、Amber を選択します。 Amber on Rescale を実行するには追加のハードウェア料金がかかることに注意してください。

Amber にアクセスできるようになったので、最初の Amber シミュレーションをセットアップして実行できます。 がここにあります ヘルプページ これを行う方法を説明します。 いずれかをクリックすることもできます。 結果 以下の表のリンクをクリックすると、Rescale プラットフォームですでに実行されているジョブが表示されます。 それから、それは簡単なことです ジョブのクローンを作成する 自分で実行して、Rescale でのジョブの実行に慣れてください。
最後に、標準ベンチマークであるトルエン リガンドを使用したリゾチームのモデルを複数のプロセッサー数で実行し、さらに Jade コア タイプを備えた GPU で実行した場合のタイミングの結果を示します。 これらは正式なベンチマークではありませんが、Rescale で達成が期待できるパフォーマンスの妥当な推定値を提供します。 ご質問がある場合、または Rescale で Amber シミュレーションの実行を開始する際にサポートが必要な場合は、次の宛先に電子メールを送信してください。 。 楽しくシミュレーションしてください!

トルエンを含むリゾチーム – 29,074 個の明示的な水を含む 8802 個の原子 – ニッケルコアタイプ
#CPUナノ秒/日相対スケーリング 
11.631.0結果
45.540.85結果
1614.980.21結果
    
#GPUナノ秒/日スピードアップ (rel。 4CPU) 
155.5410.0X結果

 

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