NAMD 例題
NAMDは大規模生体分子系の高性能シミュレーションのために設計された並列分子動力学コードです。Charm++並列オブジェクトをベースとするNAMDは、一般的なシミュレーションでは数百コア、大規模なシミュレーションでは20万コアを超える規模に拡張します。NAMDはシミュレーションの設定と軌道解析に一般的な分子グラフィックスプログラムであるVMDを使用しますが、AMBER、CHARMM、X-PLORとファイル互換性があります。
Rescale上での分子動力学シミュレーションの簡単な例です。
| Simulation Code | NAMD v2.11 tcp |
| Analysis Type | Molecular dynamics |
| Description | Molecular dynamics (MD) simulations to compute atomic trajectories by solving empirical force field equations that approximate the actual atomic force in biopolymer systems. |
| Suggested Hardware | Titanium / 1 cores |
| Command |
namd2 bpti_namd_script |
| Estimated Run Time | 2 minutes |