NAMD の例
NAMD は、高性能のために設計された並列分子動力学コードです。 シミュレーションは実験であり、シナリオをテストし、作成することです... その他 大きな生体分子システムの。 Charm++ 並列オブジェクトに基づいた NAMD は、一般的なシミュレーションでは数百コア、最大のシミュレーションでは 200,000 コアを超えるまで拡張できます。 NAMD は、シミュレーションのセットアップと軌道解析に一般的な分子グラフィックス プログラム VMD を使用しますが、AMBER、CHARMM、および X-PLOR とのファイル互換性もあります。
これは、Rescale での分子動力学シミュレーションの簡単な例です。
シミュレーションコード | NAMD v2.11 TCP |
分析タイプ | 分子動力学 |
説明 | バイオポリマー系における実際の原子間力を近似する経験的な力場方程式を解くことにより、原子の軌道を計算する分子動力学 (MD) シミュレーション。 |
推奨ハードウェア | チタン/1芯 |
namd2 bpti_namd_script | |
推定実行時間 | 2分 |