NAMD の例

NAMD は、高性能のために設計された並列分子動力学コードです。 大きな生体分子システムの。 Charm++ 並列オブジェクトに基づいた NAMD は、一般的なシミュレーションでは数百コア、最大のシミュレーションでは 200,000 コアを超えるまで拡張できます。 NAMD は、シミュレーションのセットアップと軌道解析に一般的な分子グラフィックス プログラム VMD を使用しますが、AMBER、CHARMM、および X-PLOR とのファイル互換性もあります。

これはRescale上での分子動力学シミュレーションの簡単な例です。 Rescaleサポートにお問い合わせください ご支援が必要な場合。

Simulation Code NAMD v2.11 TCP
Analysis Type分子動力学
詳細説明 バイオポリマー系における実際の原子間力を近似する経験的な力場方程式を解くことにより、原子の軌道を計算する分子動力学 (MD) シミュレーション。
Suggested Hardwareチタン/1芯
Command 
namd2 bpti_namd_script
Estimated Run Time2 minutes
×